Du kan synkronisere biblioteket i EndNote og EndNote online. Det betyr i praksis at du sørger for at referansene i de to programmenes bibliotek er like. Synkronisering kan kun startes fra EndNote-programmet. EndNote online har for tiden ikke denne muligheten.

Fremgangsmåte for synkronisering:

Velg Sync fra Library-menyen
Dersom du ikke har spesifisert hvilken EndNote online-konto du vil synkronisere mot, vil det komme opp en påloggingsdialog

Fyll ut e-postadressen og passordet som gjelder for EndNote online-kontoen
Det vil da komme opp en fremdriftsindikator nede til høyre som forteller at synkroniseringen pågår. Man kan fortsette å arbeide med andre oppgaver i programmet mens bibliotekene synkroniseres.
Første gang man synkroniserer vil gruppene fra EndNote online dukke opp i gruppesettet Unfiled Groups. Flytt referansene til de gruppene der de hører hjemme i EndNote-biblioteket. I de påfølgende synkroniseringene vil de oppdateres der de er flyttet til.